Тадашњи председник Савезне Републике Југославије Војислав Коштуниса потписао је одлуку о помиловању Аљбина Кутрија.
Након рушења Милошевића 2001. године Коштуница је амнестирао будућег премијера Kосова Аљбина Kуртија, у склопу амнестије многих политичких затвореника.
Он је у априлу 1999. ухапшен од стране српских снага безбедности, да би два месеца касније, дан након потписивања Kумановског споразума, био пребачен у затвор у Пожаревцу.
Оптужен за угрожавање југословенског територијалног интегритета и осмишљавање непријатељске активности блиске тероризму, осуђен је на 15 година затвора.